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新疆昌吉西瓜主根系，分布深广，主根深1m以上，在沙质壤土直播时侧根分布直径达3m，根群主要分布在20～30cm的耕层内。根纤细易断，再生力弱，不耐移植，幼苗茎直立，节间短缩。4-5节后节间伸长，5-6真叶后开始匍匐生长。分枝性强，可形成3～4级侧枝。也有节间短的丛生（短茎）类型。单叶互生，有深裂、浅裂和全缘叶等品种，叶序2/5。花单性腋生。雌、雄异花同株，主茎第3-5节现雄花。5-7节形成雌花，其后与雄花相间形成。开花盛期可出现少数两性花。花萼、花瓣5，花冠黄色，基部联合，花药联合成3枚，花丝短，药背裂，子房下位，柱头3裂，3室，侧膜胎座。雌雄花均具蜜腺，虫媒花，花清晨开放，午后闭合。果实有圆、卵形、椭圆、圆筒形等，重达10-15kg，小的1-2kg。果面平滑或具棱沟，表皮绿白、绿、深绿、墨绿、黑色，间有细网纹或条带。果肉乳白、淡黄、深黄、淡红、大红等色。肉质分紧肉和沙瓤。果肉的可溶性固形物8-10%，优良品种可达11-12%。果实**外层为排列紧密的表皮层，上被角质层，下为8-10层细胞组成的外果皮，接着是由无色或绿色的厚壁细胞层组成的中果皮，再里为胎座薄壁细胞，着生种子。种子扁平，卵圆或长卵圆形，平滑或具裂纹，种皮白、浅褐、褐、黑或棕色，单色或杂色。种子千粒重：大子类型100～150g，中子类型40～60g，子瓜类型150～200g，小子类型仅20～25g。新疆昌吉西瓜

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